或问，人何以致病，传统气功认为：
“大凡人身中元气，日日发生，只为不知保养，故被二邪日削。何为二邪 ?风寒暑湿乃气之邪，喜怒哀乐乃情之邪。此二邪为元气之贼，日夜攻伐，所以元气薄弱，遂致死亡。 (《修道真诠》 )
混元医学认为，人所生的各种病，都是混元气运动 (开合出人聚散化 )的失常，然而有现于形、气、意、神的不同。结合病因来说，则有生物、化学物质引起的气失常，有物理因素引起形体伤损，有因情绪招致气的偏颇，有因遗传而形成先天疾病……。下分述之。
一、生物、化学物质引起气的病理改变
我们知道，人的混元气不断地进行着更新变化，形气之间也进行着不断的相互转化运动，在此运动过程中，外来的各种物质只有被同化混化，才能形成人的混元气，其中有形之物需分解成“基砖”才能被人同化。如果外界物质进入人体后，不能分解成可同化的基砖，或体积虽小但不能被人同化，就不能形成人的混元气的组成部分，而保持其固有的体性。换句话说，这些物质的混元气与人的混元气不同一。当这样的物质达到一定限度后，人的混元气的正常运动就受到了影响，使人的正常生命活动难以进行而呈现病态。各种生物致病因素 (如细菌、病毒、立克次氏体、原虫、螺旋体，甚至寄生虫 )及各种化学物质 (包括细菌产生的毒素 )使人致病，都属这一类型。
二、外伤致病
这里所说的外伤致病，不仅是机械作用引起形体的伤损，还包括异常温度 (高低温 )、电、辐射等。这类原因使人致病，似乎是直接作用到形体，使形体发生病理变化。其实不然，因为在混元整体里，任何形的变化都是服从于气的，外来的任何刺激也都是外在的混元气的作用，它首先是破坏人的所属部位的气场，直接使气场失去常态而后发生形体变化。有的刺激来的非常迅速，剎那间就作用到形体上，使人的混元气的运动发生障碍，致使局部气场失常，最后招致形气变化。如果局部气场不发生异常变化，一般来说是不易发生形体损坏的。这里需要特别值得注意的是，人的气场变化与人的意识活动有着密切关联：如梦游者从 1~2丈高的房上跳下来安然无恙；熟睡者与醉酒者从高床上摔下来不易受伤；更有甚者，小孩子从 3~4楼掉下来竟未发生意外，笔者已遇到 4
例。不仅如此，当情况急紧时，一心思念“混元灵通”，多能逢凶化吉。如北京曾有一位 73岁高龄的智能功辅导员，人们习惯称她为蔡大姐，一次横穿马路，被高速开来的大卡车撞倒，随后，车轮在她身上轧过，蔡大姐在那剎那间意识中闪现出混元灵通的念头，结果，大卡车车轮压过身躯后，竟意外地未受伤损，真是比硬气功的“汽车过身”表演还精彩。或问何以致此 ?
混元整体理论认为，意识可主宰与指挥气的运动，当精神专一的想混元气时，可形成强大的气场，鉴于汽车轮子不是非常锋利，不能使形体迅速造成离断性损伤，因而使人体所属部位气场未遭到破坏，在形体完整的前提下，它的功能可以正常体现，因而可以不受伤。有的气功师表演用刀刺入躯体，拔刀出来后，既不流血，而且伤口瞬时完复如初，其理与此相同。又如有的智能功功友被开水烫的一剎那，意识中默念“混元灵通”，结果被烫处没起泡，道理与此相同。
另外，外界气候－中医所说的“风寒暑湿燥火”也可导致人体混元气的失常。其机制主要是与膜络层次混元气发生作用，使人混元气的开合出入聚散化的运动失常，从而使人患病。如果在不良的气候环境里，能心地安然地给自己的躯体布气场，一般来说不会得病。古人也有到有疫情的家或地区去以前先给自身布气，然后进入疫区而不受传染的记载，与我们所讲的道理是一致的。
三、精神因素使人致病
这里面有两种情况，一是情绪的变化引起气的变化，所谓志一而动气。中医所说的怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下，惊则气乱，思则气结等，就属这类病变；另一种情况则是意元体本身的灵明度欠佳，不能准确无误地反映、处理外来的各种信息，使人呈现易病体质，这种情况多与先天状态有关。对此，中医经典《灵枢》中也有类似的论述，如《本藏篇》中说： “有其不离屏蔽室内，又无怵惕之恐，然不免于病，何也，闻其故。歧伯对曰：……五藏者，所以参天地、副阴阳，而连四时，化五节者也。五藏者，固有小大、高下、坚脆、端正、偏倾，六腑亦有小大、长短、厚薄、结直、缓急，凡此二十五者，各不同，或善或恶、或吉或凶。”又 说：“五藏皆小者，少病，苦瞧心，大愁忧……五藏皆脆者，不离于病……” 这里要说明的是，我们并无意把上述引文做为先天意元体病的例证，只是借它来说明人的先天素质状态是人得病的根据而已。为了说明精神的先天不足可以使人致病，让我们引证道家著作《玉诠》中的一段论述： “神浊则精气之中潜伏几分不足之因，或不足于木，或不足于金，或不足于水，或不足于火，或不足于土。有此五种不足，一遇外邪，内为牵引，是以着而成病。究竟病则精气自病，治则精气不能自治。”
就是说当神不足时，受一些外界刺激，就可引起自身精神失衡，进而引起气的失调，这类病与前述外来因素使人混元气失常是不一样的。
这里还必须讲清的是，还有一种意元体的病态，即意元体的偏执参照系对生命的影响。一般来说，偏执参照系中的内容，无论是科学的、艺术的，还是道德的参照系模板，对常态智能的人来说，既有其积极的一面，又有其消极的一面。尤其是与道德意识有关的个性、思想方法，如利己与利人、克己容人的矛盾等，练功到一定水平后，将使这些属于意元体内的活动矛盾激化，因为随着工夫的上进，意元体的灵明度不断提高，对周围事物反映的敏感度提高，反应能力也相应加强。如果参照系中的偏执模式不随着相应的提高，就会因一些琐事招致情绪失常，而使人患病。这样的病用调气的方法是难以治愈的，因为意元体统帅气的能力已随着工夫的上进而强化，调气仅是调其枝末，即使气临时正常了也无济于事，因为意元体经常发放属于病态的信息，使之继续进入病态。这些病只有提高意元体的灵明度才能获得根治。
四、混元气消耗过多
疲劳过度，是耗损混元气的主要原因。
生殖之精的过度耗损，不仅直接消耗人的混元气，而且将影响先天肾气的气场，这样势必影响肠胃对营养的吸收，影响对摄入物质的气化。这一致病机理容易理解，故不详述。
五、遗传病
这是由于父母遗传因素的不足而形成的新生个体的混元气的缺欠。这类疾病虽然现代医学寄希望于遗传基因，但目前尚未有积极可行的方法，然而混元气治疗已经在小试牛刀的过程中，见到了可喜的苗头，如血友病已有治愈的病例。
从上述可以看出，混元医学的病理观虽然比较简单，但是抓住了根本。人的病虽有形气意神的区别，但都是以气为中介，以神为主导的，抓住了神气两个环节，一切问题就都迎刃而解了。诚然，在人体具体病理变化过程中，有从气的变化引起形态变化，如气的凝聚以形成各种实体性病态物，也有因气的失衡而招致生物致病物的侵袭等，但这一切仍未超出神气变化的范畴。
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