混元医学不像中医与传统气功那样强调脏腑、经络，而是强调精、气、神三位一体的混元气。有形之体是气聚的表征，妙思之神是气的灵通表现。《涵三语录》中曾说：“盖精与神，皆不外乎气，故道家不言精神，而独言气也。”但是混元医学虽说是注重混元气，但更注重神意的作用，认为神意是人混元气的最精细、灵通的气，而且有主观随意性，可以主宰全身的生命活动，是对《元气论》所说的“神全则气全，气全则形全，形全则百关调于内，八邪消于外”的进一步发展。认为人的整个生命活动过程，就是人的混元气的生化过程，对于人的混元气的生化已详述于本书第四章，这里不赘述。
尽管混元整体理论全面阐述了正常人体生命活动的维持，需借助与外界进行实体物层次的交换、能量层次的交换，以及信息层次的交换，但修炼智能气功的终极目的则是逐步以后者代替前者。这就是混元医学不注重脏腑、经络的道理所在。因为脏腑经络的功能，主要是用以维持常态智能人的生活。如谓不然，试看以下事例，如：(1)现已发现了一些常年不吃饭而能维持正常生命的人；(2)气功辟谷也可不进饮食；(3)传统气功练到一定程度(如达到气住、脉住以后)，则可使全身气血、经络停止(所谓日月停轮)动转。上述前两事例说明人可以不借助有形实体物的交换而维持正常生活；后一事例则说明经络对于生命的作用，仅在常人状态才有重要意义。
混元医学对经络的实质是怎样对待的呢?
混元医学认为，中医学中所称述的经络，实际上并不是有一定的管道，它与营运血液的血管不是一回事，《灵枢经》中就说：“壅遏营气，令无所避是谓脉。”又说：“营行脉中，卫行脉外”。这就是说，中医经典也认为十二经与血脉是两码事。那么经络的经是什么呢?混元医学认为，“经”是人体各有关组织的混元气汇聚成的“气束”。我们知道，人体内的各种实体物组织的周围，都有其混元气，这些混元气在人的生命活动过程中的各种因素作用下，汇集成了特定走向的“气束”，气束中的气较其周围非气束部位的气，占有明显的优势，使气束所历经的生物组织产生一定的变化，因而显现一定的特性，不仅练功的人可以感觉到它，而且可以用仪器的某些指征探测到它。至于“气束”中气的流动感，一是受血液(严格说来应是血液的混元气)流动的影响；二是受淋巴(严格说来应是淋巴的混元气)流动的影响；三是受神经兴奋信号传输的影响；四是受整体生命活动的影响。不过需要说明的是，属于各部组织的混元气形成的“气束”本身的气是不流动的，受了上面所述的各种影响而产生的流动感觉或现象，是有关影响物的混元气流动的结果。鉴于这些流动物的流向不同，因而形成了在同一经脉上出现不同方向的经络感传现象。这是已被针刺或经络敏感实验所证实了的。由血液引起按一定方向流动的经络气，属于中医所说的“营气”的范畴，其余的气则属卫气的范畴。这些与中医经典理论相矛盾的论述是怎样解释呢?我们知道，中医理论(尤其是经络论与气化论)确实是在古气功家的实践过程中建立起来的，但由于古代的科学水平低下，对物质的认识只限于实体性物质的层次，因而难以对微细的物态进行精细体认与准确无误地描述。即使在中医的经典著作－《黄帝内经‧素问》与《黄帝内经‧灵枢》中，彼此矛盾的论述也是很多的。如果进行认真的分析与比较，就可发现其中也有不少内容与我们的论述有极大的相似之处，如卫气循行的某些论述，阳气从头走向四肢的论述，气街的论述等。另外，中医经典著作中也有一些论述确实是不正确的。混元整体理论的医疗观与中医学不同，其因盖此。
混元整体理论认为，人的正常生命活动包括三个方面，一是属于神意的正常的精神活动；一是属形气的生物学层次的正常的生命活动；再则就是精神活动与生命活动的正常联系。这部分在本书《人的混元气》中做过介绍，这里仅对有关的生命活动再扼要剖析一下。混元整体理论认为，人体生命活动主要是在三个层面上进行的，一是人与外界接触的层面(包括皮肤与肺、胃肠道的粘膜以及各感觉器官)进行的各种物质(包括质、能、信息)的交换；二是在细胞层次的细胞内外物质的交换与细胞内的物质变化；三是人体内的各种物质的转输。这些本属于生物层次的生命活动，在人身上却表现出了特殊性，即这些活动不仅受着生物遗传学的制约，而且还受到意识活动(广义的意识活动)的制约。智能气功科学的目的就是要逐步强化后者，逐步达到人对自身生命活动的随意控制。
另外，混元整体理论认为，人的生命活动得以正常、进行，必须借充足的内气以合于外在之气，否则难以维持其正常。修炼智能气功就是强化这一过程。对此，传统气功也有论述，《道枢》中曾说：
“修身者，或元气尝破则精神不全，必候其精神具而气全，然后可以养命而为化者也。不然内外之气不相合，难以成道焉。何也?内者，人之气也；外者，天地之气也。且夫天地人皆真一之气所生也，内气不足，于旧则不全矣。”
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